R
コーディングスタイル
なんで？
github にあるパッケージをインストールする
devtools::install_github("jimhester/lookup")
# ブランチを指定してインストールする場合
devtools::install_github("jimhester/lookup@develop")
ソースコードを確認
lookup パッケージ
devtools::install_github("jimhester/lookup")
lookup::lookup(dplyr::summarise)
バージョン管理
- RSwitch R本体のバージョン管理 https://twitter.com/hrbrmstr
- renv, packrat : パッケージのバージョン管理
並列計算
furrr : purrr と同様の使い方で並列に計算できる
可視化
インストール
Ubuntu
環境設定
環境変数
Sys.getenv()
Sys.setenv("LANGUAGE"="ja_Jp.UTF-8")
環境設定ファイル
Rの設定ファイルには以下がある。
.Renviron.Rprofile.R/Makevars
ユーザーごとのこれらの設定ファイルは、ユーザーのRホームディレクトリ R_USER に配置しておくとよい。
# ユーザーのRホームディレクトリの確認方法
> Sys.getenv("R_USER")
[1] "C:/Users/hoge/Documents"
.Renviron
環境変数を指定するシェルスクリプト
usethis::edit_r_environ() からアクセスできる。
R_USER=${HOME}/.R
R_LIBS_USER=${R_USER}/library
R_ENVIRON_USER=${R_USER}/.Renviron
R_PROFILE_USER=${R_USER}/.Rprofile
R_HISTFILE=${R_USER}/.Rhistory
R_HISTSIZE=65535
LANG=C
LC_CTYPE=en_US.UTF-8
.Rprofile
Rの起動時や終了時に実行したいRのスクリプト
https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Customizing-the-environment
~/.R/Makevars
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-exts.html#Using-Makevars
CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.7
CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.7
CPLUS_INCLUDE_PATH=/opt/local/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
LD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
CXXFLAGS= -g0 -O3 -Wall
MAKE=make -j4
ロケール、文字コード
ロケールを指定する文字列
ロケールとは表示する言語・文字コードや数字や時刻の表示形式を変更するための設定のこと
次の３つの情報を指定する文字列
- 言語 ja
- 領域 jp
- 文字コード utf-8
ロケールの指定形式はOSにより異なる
- Windows
Japanese_Japan.932日本語、日本国、Windows拡張Shift-JIS（コードページ932）English_United States.1252- 省略した入力として
JapaneseEnglishでも良い（エンコーディングはデフォルトで言語だけ変えたいとき）
- Mac, Linux
ja_JP.UTF-8en_US.UTF-8
環境変数
メッセージを変えたいだけなら .Renviron ファイルの中で LANGUAGE 環境変数を設定する
.Renviron
LANGUAGE=English
#LANGUAGE=Japanese
表示されるメッセージの言語は、最初に環境変数 LANGUAGE の設定が読まれる。次に LC_ALL, LC_MESSAGES and LANG
Rでロケールに関連する環境変数
LC_MESSAGES: R で表示されるメッセージの設定LC_COLLATE: 並び換えや正規表現に用いる文字の照合順序に影響します。LC_CTYPE: 文字の判定・操作・文字数のカウントなどに影響します。LC_MONETARY: 金額に関連する数値、通貨記号の表示に影響します。LC_NUMERIC: 金額に関係しない数値の表示（小数の区切り文字など）に影響します。LC_TIME: 日付と時刻の表示に影響します。LC_ALL: これが設定されていると他のロケール設定（LC_*）よりも優先して、こちらの設定が使われる
Sys.setlocale("LC_ALL", "C")
Sys.setlocale("LC_MESSAGES", "English")
現在のロケールを確認する（windows）
> Sys.getlocale()
[1] "LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=English_United States.1252;LC_MONETARY=Japanese_Japan.932;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=Japanese_Japan.932"
Ubuntu でロケールを表示してみた。 ロケールに関連する環境変数はもっと多い
$ locale
LANG=ja_JP.UTF-8
LANGUAGE=
LC_CTYPE="ja_JP.UTF-8"
LC_NUMERIC="ja_JP.UTF-8"
LC_TIME="ja_JP.UTF-8"
LC_COLLATE="ja_JP.UTF-8"
LC_MONETARY="ja_JP.UTF-8"
LC_MESSAGES="ja_JP.UTF-8"
LC_PAPER="ja_JP.UTF-8"
LC_NAME="ja_JP.UTF-8"
LC_ADDRESS="ja_JP.UTF-8"
LC_TELEPHONE="ja_JP.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="ja_JP.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="ja_JP.UTF-8"
LC_ALL=ja_JP.UTF-8
フォント
Windows 環境でフォントを使うときの注意は extrafontパッケージのREADME に詳しく書いてある。
こちらも悪くない 【ggplot2】 好きなフォントを適用できるようにする
フォントのインストール
フォントをインストールすると以下の場所にインストールされる多分。
Windows OS が認識するのフォントの場所
sysfonts::font_paths()
WIndowsにインストールされたフォントファイルの一覧をデータフレームで返す
sysfonts::font_files()
次のセクションでRにフォントをインポートするのに成功したら、この一覧にある family と face が R から利用できるようになるはず。
Rへのフォントのインポート (Windows)
参考 http://www.zg.em-net.ne.jp/~mlab/_src/sc271/82p8ac28bab82c683t83h839383g.pdf
新しいフォントをインストールした時、*R をメジャーアップデートした時、Rにフォントをインポートする必要がある。 （フォントをOSにインストールするだけではなく、インストールしたフォントをRから利用可能にする必要がある）
extrafont::font_import() がエラーでフォントのインポートができない。Rttf2pt1 パッケージをダウングレートするとインポートできるようになる。
remotes::install_version("Rttf2pt1", version = "1.3.8")
extrafont::font_import()
extrafont::font_import()
その後、以下を実行すると R で指定可能なフォント family の一覧が出力される。（ここの出力に表示されないフォントは利用できない。）
grDevices::windowsFont()
Windowsの場合、さらに毎回Rを起動したときに以下を実行する。
extrafont::loadfonts(device = "win")
# pdf や postscript で出力する場合は以下も必要らしい
#extrafont::loadfonts("pdf", quiet = TRUE)
#extrafont::loadfonts("postscript", quiet = TRUE)
利用可能なフォントの一覧の表示？ これらのフォント名は family で指定できる？
extrafont::fonts()
pdf デバイスで使えるフォントの一覧
names(pdfFonts())
# Vector of font family names
fonts()
# Show entire table
fonttable()
フォントの指定
Font family とは
まずはフォント family と face を理解する。
family = "Roboto"
face = "bold" # bold, italic
フォントにはいわゆる “ＭＳ ゴシック” や “Roboto” など字体の違いのほかに、同じ字体の中で普通（Regular）や太字 (Bold) や斜体 (Italic) などがある。
フォントの実体はフォントファイルに記録されているが、実は普通・太字・斜体も別のフォントファイルに保存されている。なので厳密には異なるフォントと言うこともできる。
そこで同じ字体を持つフォントをフォント family と呼ぶ、その中に普通・太字・斜体のことを face と呼ぶ。
sysfonts パッケージを使った方法
- sysfonts
- showtext パッケージ
# https://fonts.google.com/featured/Superfamilies
# Google から name で指定したフォントをインストールして、
# それを R から family で指定した名前で利用可能にする
sysfonts::font_add_google( name = "Roboto", family = "Roboto")
#sysfonts::font_add_google("Montserrat", "Montserrat")
フォントの保存場所の確認＆追加
sysfonts::font_paths() # システムフォントの場所の確認
sysfonts::font_paths('path') # ユーザーのフォントの保存場所を追加する
# ローカルにあるフォントをRから利用可能なように登録する
# フォントは上で指定したフォルダから探されるみたい
sysfonts::font_add(family = "Roboto", regular = "/path/to/font/file")
# sysfonts::font_add('noto', 'NotoSansCJKjp-Regular.otf') # Noto
# sysfonts::font_add('hana', 'HanaMinA.ttf') # 花園明朝
# sysfonts::font_add('spop', 'HGRPP1.ttc') # 創英角ポップ
# sysfonts でRにロードしたフォント family 名を確認する
sysfonts::font_families()
パッケージのインストール
RStudio Package Manager
これを使うと Linux でもコンパイル済みパッケージをインストールできる。 また、特定の日付のCRANの状態を指定してインストールすることができる。
https://packagemanager.rstudio.com/client/
Get Started
右上、CLIENT OS を選択
Setup
Latest あるいは Freeze で日付を選ぶ
Binary
https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest
Install System Prerequisites for the Repo’s Packages のコードを実行
.Rprofile に以下を記述
# ここは OS により変わる
options(repos = c(REPO_NAME = "https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))
# Set the default HTTP user agent
options(HTTPUserAgent = sprintf("R/%s R (%s)", getRversion(), paste(getRversion(), R.version$platform, R.version$arch, R.version$os)))
OS の区別
R が実行されているOSを区別する方法
if(Sys.info()['sysname'] == "Windows"){
# Windows
} else if (Sys.info()['sysname'] == "Darwin") {
# MacOS
} else {
# Other
}
パッケージをアンロードする方法
一度 library() してしまったパッケージをはずす
detach("package:fishwatchr", unload=TRUE)
きになるパッケージ
可視化
- gganimate : gifアニメ
- export : ggplotオブジェクトをパワポに変換する
- ggridge 複数のヒストグラム比べるやつ
オブジェクトを調べる
class() typeof() mode()
str() attributes()
