rhdf5

rhdf5

HDF5形式のファイルを扱うためのパッケージ

CRANにはなく bioconductor のパッケージらしいので、bioconductor のレポジトリからインストールする

rhdf5 - HDF5 interface for R

インストール

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("rhdf5")

基本的な関数

ファイルの構造を表示する

h5ls("myhdf5file.h5")

ファイルの中身を読み取る

D = h5read("myhdf5file.h5","foo/A")

ファイルを開く

h5f = H5Fopen("myhdf5file.h5")

# アクセス
h5f$df